ஒண்டிக்கடை ரவுண்டானா பகுதியை கடந்து கொம்மக்காடு செல்லும் வழியில் அவர் மோட்டார் சைக்கிள் நிலைதடுமாறி அருகே இருந்த மண்திட்டில் மோதியது. இதில் வண்டியில் இருந்து கீழே விழுந்து தலையில் படுகாயம் அடைந்த அவரை அக்கம்பக்கத்தினர் மீட்டு ஆம்புலன்ஸ் மூலம் ஏற்காடு அரசு ஆஸ்பத்திரிக்கு அனுப்பி வைத்தனர். பின்னர் அங்கிருந்து மேல் சிகிச்சைக்காக சேலம் அரசு ஆஸ்பத்திரிக்கு அனுப்பி வைத்தனர். அங்கு மணிக்கண்ணன் சிகிச்சை பலனின்றி இறந்தார்.
அலக்நந்தா என்ற அண்டத்தினை கண்டுபிடித்த ஆராய்ச்சியாளர்கள்